ich glaube, ich habe eine Lösung gefunden, da ich das Problem auch kenne. Bei mir hat Folgendes geholfen:
1. In RW_Tools unter "Szenario bearbeiten" das entsprechende AP-Wetter direkt unter "Assets->AP->WeatherEP->Weather" auswählen, dann Szenario speichern.
2. Im TS-Szenarioeditor rechts im Szenario-Flyout auch den selben AP-Wettertyp auswählen.
3. ACHTUNG! Jetzt nicht sofort auf "Speichern" gehen, sonst ist beim nächsten Szenariostart das Wetter wieder auf "Default". Erst irgendwo ein Schienenfahrzeug setzen, dann speichern. Danach Fahrzeug löschen und erneut speichern - jetzt ist die Wettereinstellung dauerhaft gespeichert.
So hat es bei mir gestern auf dem München-Rosenheim-Upgrade funktioniert, nachdem ich im ersten Durchlauf eben auch diesen Grafikfehler im Himmel hatte.
Viel Erfolg!