Sorry, aber ich kann Deine Probleme nicht wirklich nachvollziehen.
Beim Bahndamm auftrennen und eine Brücke einsetzen ergibt es an keiner Stelle ein Problem. Entweder habe ich einen Bahndamm mit Endstück, was ich an das bestehende Stücke ansetze und dann die entsprechende Brücke einbaue oder ich habe eine Brücke mit angehängtem Bahndamm. Beispiele dafür im Bild und ein Beispiel mit einer fast fertig ausgestalteten Situation in Ziegelhütten (Rampe Hartmannshof). Dort ist eine Brücke mit angehängtem Bahndamm und anschließend ein Bahndamm-Loft verbaut.
Das bei einer Weiche möglichst ein Gleisstück vorhanden sein muss, ist eine Restriktion, die - wenn man kennt, wie die Weiche gebildet wird - nachvollziehbar ist. Das hat mir auch nie Probleme gemacht. Das Weichen in einem Gefälle liegen ist die Ausnahme. Bahnhöfe liegen immer in der Ebene nach EBO (Eisenbahnbetriebsordnung). Es gibt dafür nur wenige Ausnahmen.
Das die Überhöhung von einer Seite funktioniert und von der anderen nicht, habe ich noch nie gehabt. Machst Du da eventuell etwas grundsätzlich falsch?
Gleisunebenheiten habe ich in der Regel gar nicht. Es gibt manchmal im Bergland mit vielen Kurven das Problem im Übergang zum Bahnhof mit auseinandergezogenen Gleisen für einen Bahnsteig tatsächlich das Problem, die zwei Gleisstränke miteinander zu verbinden . Das ist das Einzige, was etwas "tricky" ist.
Viele Grüße
Bernds