Meine Erfahrung mit Blender ist, dass das Programm sehr zuverlässig arbeitet. Gab es "seltsame" Resultate, hatte ich aus Versehen irgendwo einen Haken gesetzt oder gelöscht, der den Effekt produzierte. Leider hatte ich das Problem noch nicht, was Du beschreibst; schau trotzdem einmal nach, ob bei diesem Objekt "Backface Culling" nicht angehakt ist. Dann müsstest Du den Haken setzen.
Warum willst Du Deine Gleise markieren? Für die Überhöhung reicht das Markieren eines kurzen Teilbereichts, um den Haken zu setzen und die Überhöhung im gesammten Bereich zwischen zwei Trennstellen/Verschweißungen zu bekommen. Eine andere Geschwindigkeit regle ich über die entsprechnde Trackrule. Aber Du kannst mit dem Höhenpfeil Deinen Bahndamm nach unten schieben, dann müsstest Du auch über die Stelle markieren können, ansonsten eben zweimal ansetzen, ist auch kein Drama. Wenn Objekte bzw. Lofts zu nahe beieinanderliegen, kann es schwer werden, etwas richtig anzufassen. Das würde ich nicht als Bug bezeichnen, ist nur unkomfortabel programmiert.
Viele Grüße
Bernd