Hallo,
es ist grundsätzlich problematisch wenn sich Links 1+ (Linknummer > 0) des gleichen Signals überholen. Dies ist begründet in der Art, wie der TS ermittelt, welcher Link (=Fahrstraße) nun verbunden ist.
"Ein Link 1+ überholt einen anderen Link 1+ des gleichen Signals, wenn ich über beide Links 1+ fahren kann, ohne zwischendurch eine Weiche umzustellen."
Genau hier gibt es später definitiv Probleme, da die Ergebnisse zufällig sind. Außerdem wird der Weichenbereich unter Umständen nicht freigeben, beziehungsweise das Zielgleis nicht belegt oder das richtige Signalbild nicht angezeigt...
Als Lösung bietet sich das an, was StS geschrieben hat, nämlich zusätzliche Signale setzen. Dabei spielt es keine Rolle, ob es Haupt- oder Sperrsignale sind.
Da in dem Lageplan noch sämtliche Sperrsignale fehlen, lässt sich nicht festlegen, wie die Links gesetzt werden müssen. Das Problem wird verursacht, da im Nachbargleis unterhalb des Signals S1 kein weiteres Signal steht. Genau hier müsste ein Zwischensignal stehen und die Einfahrtsignale bis vor diesem Zwischensignal verlinkt werden.
Nun kann es natürlich sein, dass dort beim Vorbild gar kein Signal steht, obwohl wir aus technischen Gründen jedoch beim TS eines benötigen. Bisher wurde dann gern mal ein Signal vergraben. Für diesen Fall wird es mit dem Nächsten Update bei den Signalen ein "Hauptsignal-Dummy" geben. D,h. ein Signal ohne Mast und ohne Signalschirm, welches sich dauerhaft im HpX-Modus befindet. Als 3D-Objekt wird das bekannte Triggergehäuse benutzt. Dieser "Hauptsignal-Dummy" prüft dann den Fahrstraßenabschnitt und gibt, da er sich im HpX-Modus befindet, die Information an das Einfahrtsignal zurück. Die Links werden wie bei einem normalen Signal gesetzt. Somit wird die Verlinkung aufgetrennt, damit die Spielersignale ordnungsgemäß funktionieren. Da das Stopping bei diesen Dummys auf "eFalse" steht, interessiert sich ein KI-Zug nicht für dieses Signal und bildet keinen separaten Blockabschnitt.
Ach noch etwas: Das Signal S1 scheint ein Gruppenausfahrtsignal zu sein. Bitte setze bei den Gleissperrsignalen, die in diese Richtung zeigen später die Häkchen für Gruppenausfahrtsignale laut Anleitung. Ich hoffe dies hilft Dir Joe. 
Gruß Schuster