Das liegt daran, dass TSW sogenannte "DataTracks" benutzt die den Zustand des Fahrplans zu verschiedenen Zeiten nachbilden, dazu kommt dann Interpolation zwischen gespeichertem "Snapshot" und tatsächlicher Startzeit.
Ein Konzept das von Zusi-Macher Carsten Hoelscher verworfen wurde weil es fehlerträchtig ist. Da wird halt der Fahplan im Zeitraffer bis zur Startzeit komplett durchsimuliert, was halt ein bisschen Wartezeit erfordert aber dafür funktioniert auch alles. Allerdings will halt keiner mehr warten also haben DTG es so angegangen.
Das wird dir im TSW immer wieder passieren. Oder es stehen Züge im "Limbo" über Signalen die sich dann nicht mehr bewegen können.