Du hast unten links den Haken bei "Gleis ans Gelände anpassen", deshalb ändert sich dauernd die Neigung. Mach den Haken da mal raus. Dann kannst du deine Gleise erstmal "gerade" verlegen. Danach kannst du das Gelände ans Gleis anpassen. Wichtig ist aber das du vorher nachschaust ob das Gleis an der Stelle eine gewisse Neigung hat.
Am besten ist es in einem Bahnhof anzufangen, da diese meisten oft einer Höhe sind. (Wobei es da auch viele Ausnahmen gibt). Von da aus in Etappen weiterbauen und am besten schon vorher die Neigungen ausrechnen die du von Punkt zu Punkt brauchst. Das Gleis kann beim verlegen durchaus öfter unter oder über dem DEM Gelände sein, da dieses auch nicht immer ganz genau ist.