wenn die in der AP schon vorhandenen Dateien, gleich nochmal in gleicher Form daherkommen
Nochmal. Schau dir doch mal Upgrades an. Da sind IMMER dieselben Dateien dabei die außerhalb der AP liegen. Der TS bevorzugt Dateien die außerhalb der AP sind. Dann lädt er erst das was in der AP vorhanden ist.
Wenn Mods in einem eigenständigen Ordner daherkommen, muss man die RouteProperties anpassen sonst hat man Fehler. Bitte mal die Wiki durchstöbern. Es scheint das du noch viel über den TS lernen musst.