Ich kann eigentlich nur abraten, Java in einem Browser als Plugin einzusetzen.
http://heise.de/-1675454
http://heise.de/-1677249
http://heise.de/-1697435
http://heise.de/-1717595
usw.... das setzt sich ähnlich wie bei Flash immer so fort
Und das Dumme ist dabei, dass sich Virenwächter Zeit mit der Erkennung lassen.
Folgender Artikel ist zwar vom 31.Aug, aber daran wird sich nicht sehr viel ändern, bzw. geändert haben, weil die AntiVirenhersteller keinen Grund sehen werden, hier Entwicklungsaufwand zu betreiben, weil im Prinzip kein Mensch mehr Java wirklich(!) benötigt.
http://heise.de/-1695906
Wenn man also nicht auf z.B. den VNC angewiesen ist oder auf andere Spezialanwendungen, sollte man es tunlichst aus dem Browser entfernen. Das Risiko der Verwundbarkeit beschränkt sich auch nicht auf "finstere Seiten analog zum Frankfurter Bahnhofsviertel", es ist überall zugegen.
Aber das nur am Rande.
Also ich weiß ja nicht, auf welche Profis du da hörtest, aber eine professionelle Webseite sieht eigentlich etwas anders aus 
Aber gut, ist ja auch Geschmackssache.
Die Serieninstallation jedenfalls klingt nach einer guten Idee.
Ist denn diese Anwendung ebenfalls in Java programmiert oder ist Java nur notwendig um deine Anwendung erhalten zu können?