0 byte Dateien entfernen bringt nichts. Die sind entweder ein Indikator für ein Problem mit Assets, wenn es blueprints.pak ist - dann muss man in jeweiligem Product Ordner den Fehler finden, oder anderweitig (ich lege oft 0-Byte Dateien in Ordnern an die zB nur den Namen haben "LinusSoundModInstalliert.txt" oder "Version2.54.txt" ohne Inhalt. Macht garnix.
0 byte Dateien sind harmlos - (ausser wenn sie in einer .ap liegen, dann crasht zlibwapi.dll - das war der Fall bei der BostonAlbany Strecke) - und es kann sein dass du jetzt RSSLO Sachen neuinstallieren musst, weil du mit der Aktion die Kopierschutzdateien gelöscht hast.
Was hast du getan als letztes? Repaint vielleicht installiert?
Also LogMate kann da schon hilfreich sein, es laufen lassen allein bringt nix man muss es danach auswerten.
Die schnellste Methode ist, im RailWorks Ordner einen neuen Ordner namens "Assets_backup" erstellen. Dort die Hälfte aller Assets hinverschieben (nur Kuju\RailSimulatorCore muss immer da sein).
Wenn der Consist Editor nun geht, die Hälfte der in Assets_backup befindlichen Ordner wieder zurück und erneut testen. Wenn nicht, die nächste Hälfte aus dem Assets Ordner weiter rüberschieben. Und so weiter.
So kannst du sehr schnell den Übeltäter eingrenzen mit der 50/50 Methode. Am besten einen Dateimanager mit Zwei Fenster Ansicht benutzen, bloss kein Windows Explorer Drag&Drop, das geht meist schief.
Da die Daten auf einen Ordner der gleichen Partition verschoben werden, geht das blitzschnell weil sie physisch nicht verschoben werden müssen, nur logisch. (Dazu aber die Verschieben Funktion benutzen, nicht Kopieren)
Das gleiche System wie man eine Zahl zwischen 1 und 100 errät, mit nur Grösser oder Kleiner Antworten. Fang an bei 50, wenn grösser, 75, wenn kleiner 25, und so weiter. Kürzester Weg zum Ziel 
Beispiel:

Um die Auswertung zu beschleunigen, benenne Content\Routes noch temporär um in Content\Routes_ oder so, dann startet TS blitzschnell weil es keine Szenarios scannen kann.
Du solltest das fehlerhafte Asset so sehr schnell eingrenzen können.