Das mag vielleicht mit so einem kargen Angebot für uns Deutsche nicht verständlich sein, aber man muss sich nur mal Animes anschauen, dann sieht man, wie viel detallierten Platz z.B. dort Eisenbahn einnimmt, auch die ländliche und auch wenn der Film eigentlich nichts mit der Bahn zu tun hat. Nur weil die Bahn selten fährt (hier in D wäre sie schon längst! eingestellt), kann man daraus nicht schließen, dass Japan seine Bahn nicht liebt, da würde ich nämlich eindeutig widersprechen. In der Bevölkerung genießt sie einen guten Ruf, gehört zum Leben und ein Teil Japans. Man muss nur mal sehen, wie viele verschiedene "Spezialzüge", Hotel- oder Nachtzüge gibt, das ist wirlich interessant (gibt zahlreiche Youtuber, die hier berichten und mitfahren).
Ich weiß was du meinst. In Animes etc. wird die Bahn wirklich häufig gezeigt (Shinkai Makoto mit 5 Centimeters per Second ist mir da besonders positiv in Erinnerung) und die ganzen Sonder- und Hotelzüge lassen die Bahn wirklich sehr präsent wirken.
Das mag für die Romantisierung der Bahn sprechen, aber vermutlich weniger für den verkehrlichen Nutzen. Ich erinnere mich an 2 schöne Zitate, mir von Japanern so gesagt:
"Wir beneiden die Deutschen um ihr Verhältnis zur Bahn. Wenn bei uns etwas ausgebaut werden soll, gibt es hier eine Bürgerinitivative, da Gegenwehr, andere klagen direkt, und so ziehen sich Projekte über Jahre hin. Aber ihr in Deutschland, ihr baut einfach."
Oder auch: "Im Gegensatz zu Deutschland ist Japan ja eine Autofahrernation" 
Das Gras auf der anderen Seite ist halt immer grüner.
Gerade auf dem Land ist das Netz ziemlich dünn - dünner als hier -, und von regelmäßigem Taktverkehr kann man dort wirklich nur träumen. Viele lokale Bahngesellschaften finanzieren sich eher über andere Geschäftsbereiche (Immobilien, Kaufhäuser, ...), da es keine staatlichen Fördermittel gibt, und gerade in ländlichen Gegenden nutzen im Alltag meist Schüler oder ältere Menschen die Bahn. Sobald man ein Auto hat, wird das bevorzugt.
In Tokyo und Osaka nimmt die Bahn in der Tat einen riesigen Stellenwert ein, aber schon in Nagoya, immerhin drittgrößter Ballungsraum mit 7,5 Millionen Einwohnern, liegt der Anteil des Autoverkehrs bei über 75, der der Bahn bei unter 19 Prozent... Dass Japan im weltweiten Vergleich betrachtet so hohe Fahrgastzahlen pro Einwohner hat, liegt eigentlich nur an der schieren Masse an Pendlern in Tokyo und vielleicht noch der Haupt-Shinkansen-Strecke Tokyo - Osaka (- Fukuoka).
Bei den Nachtzügen ist nur noch einer übrig, die restlichen wurden bis 2016 eingestellt, und die Hotelzüge sind eher Eventprodukte für zahlungskräftige Kundschaft als normales Verkehrsmittel. Es gibt auch sonst durchaus immer wieder für das "normale Volk" orientierte Eventzüge, aber ein wirkliches Verkehrsbedürfnis erfüllen auch die nicht. Was den Verkehr in Ballungsräumen oder den Shinkansen angeht, können wir uns sicherlich eine Scheibe von Japan abschneiden. Aber was den Verkehr auf dem Land angeht, ist es denke ich eher andersrum...
Um doch noch den Bogen zur Tadami-Line zu schließen: Auch die stand nach einem Hochwasser 2011 vor der Stilllegung, die JR East wollte sie aufgeben. Erst nach langen Verhandlungen hat die Präfektur Fukushima die Strecke wieder aufgebaut und übernimmt seitdem auch den Unterhalt, den Betrieb übernimmt weiterhin die JR East im Auftrag. In TSW dürfte die Strecke wegen der Kiha 40 davor, da die Bahnhofsschilder etc. das Design seit den 2000ern zeigen, der Fahrplan in den letzten Jahren vor dem Hochwasser spielen. Da gab es 7 Züge von Aizu-Wakamatsu aus, 3 für die Gesamtstrecke, 3 bis Aizu-Kawaguchi, 1 bis Aizu-Sakashita. Bis Nishi-Wakamatsu kommen noch die Züge der Aizu Railway (bis 1987 Aizu Line der J(N)R, wegen tiefroter Zahlen von dieser aufgegeben und von den Anliegergemeinden übernommen) dazu, die aber eigentlich mit Fahrzeugen dieser Privatbahn fahren. Ist dann die Frage, ob die Züge durch Kiha 40 ersetzt werden, um etwas mehr Verkehr zu haben. Schon 1979 gab es übrigens nur 3 durchgehende Züge pro Tag, eigentlich hat sich nix verschlechtert, aber auch nicht verbessert...