Das stimmt natürlich. Bei sehr großen Gebäuden ist es besser, für jede Kubatur einen eigenen Pivotpunkt zu haben. Wenn Du mit dem Verschwinden/Auftauchen nur der beleuchteten Fenster nicht gut leben kannst, hilft wohl nur ein Test, ob Child-Elemente funktionieren.
Eine weitere Frage, die sich mir stellt: warum geht das in Canvas? Dessen Exporter führt bestimmt ja zum gleichen Ergebnis wie der Export aus Blender - nämlich eine vom TS lesbare Datei, und der lässt nun einmal nur einen day/night-node zu. Wenn Canvas diese Beschränkung umgehen kann, würde mich ein entsprechender Auszug aus der geopcx interessieren, vielleicht kann man das dann irgendwie "nachbauen".
EDIT: eben getestet - mehrere Child-Elemente mit _night-Appendix funktionieren. Aber: eventuell verschwinden auch diese, obwohl sie jeweils ihren eigenen Pivot haben, wenn das Elternobjekt außer Sicht gerät. Da wäre jetzt ein weiterer Test nötig, für den ich aber gerade keine Zeit habe.