Auf jeden Fall sollte man niemals bei Gleisen das "Snap-to-Terrain"-Werkzeug benutzen. Das ist nur bei Zäunen oder bestenfalls noch Straßen brauchbar.
In unebenem gelände muss man hat mit einem Stückchen Gleis anfangen und dann gucken, wie das da in Wirklichkeit aussieht. Dementsprechend verlegt man das Gleis und lässt sich nicht beirren von dem gelände, was einem da vielleicht im Weg ist. SRTM hat hier in Europa ja nur eine Auflösung von 30 )(oder waren es sogar 60?) Metern. Da sind Ungenauigkeiten durch Interpolation vollkommen normal, also muss man das gelände nacharbeiten.
Wichtig ist, dass man bei seinem Verlegungs-Startpunkt die möglichst genaue Höhe weiß und welche Steigung/welches Gefälle folgen muss, damit man nach X Metern Strecke bei Höhe Y ist.
Das Gelände passt man dann an.