Zurückgespeichert habe ich es so, wie es die Datei erfordert, die nun als zweites in Spiel kommt. 
Also ich habe das wie folgt gemacht (ist halt zusammengetrickst, aber klappt):
Man hat 2 Dateien, einmal explicit-alpha 2048x2048 (diese muss man sich suchen, ggf. ist schon eine im Modell enthalten) -> "Datei B" und dann die zu repaintende Datei interpolated-alpha 2048x2048 -> "Datei A"
1. "Datei A" mit RW-Tools öffnen und per explicit-alpha in eine DDS Datei umwandeln:
(<Format d:type="cDeltaString">HC_IMAGE_FORMAT_COMPRESSED_INTERP_ALPHA</Format>
ändern in
<Format d:type="cDeltaString">HC_IMAGE_FORMAT_COMPRESSED_EXPL_ALPHA</Format>)
-> TgPcDx in DDS umwandeln und RW-Tools schließen
2. DDS-Datei öffnen (als Zwischenschritt ggf. Alpha-Kanal mit DXTBmp nachbearbeiten) und bearbeiten
3. "Datei B" in das Verzeichnis von "Datei A" kopieren, Backup von "Datei A" erstellen und diese anschließend löschen. "Datei B" mit dem Dateinamen von "Datei A" versehen ("Datei A" wurde nun durch "Datei B" ersetzt)
4. "Datei B" mit RSbinTools öffnen und Komprimierung einsehen, die noch geöffnete DDS-Datei nach der angegebenen Komprimierung von "Datei B" abspeichern (zB. DTX3)
5. Abgespeicherte DDS-Datei mit RSbinTools in die bereits geöffnete "Datei B" importieren und abspeichern.
Tada! Umwandlung von TgPcDx interpolated_alpha 2048x2048 in TgPcDx explicit_alpha 2048x2048
Kannst du ja mal Gegentesten! Einzigstes Problem, was ich habe, mit der Konvertierung von interpolated nach explicit alpha in RW-Tools ist der Alpha-Kanal nie sauber dargestellt. Gibt es da eine Möglichkeit das zu umgehen ohne das von Hand korrigieren zu müssen?