Triebwagen gegen Zugverbände tauschen hat sich (zumindest bei mir) als immer wieder fehlerhaft gezeigt. Die sichere Methode ist m.M.n. den Zugverband im Editor bis auf den "Kopf" zu löschen, sprich die Lok oder den Steuerwagen mit den angehefteten Markern übrig lassen, in RWTools dann Lok/Steuerwagen gegen den Triebkopf tauschen und im Editor dann den Rest des Triebzuges fertigstellen. So mach' ichs, eventuell umständlich, aber fehlerfrei (bei mir).
Edit: Okay, ich sehe gerade das es genau umgedreht gemeint war, da gehts dann doch einfacher -> Anleitung folgen