die Klon-Funktion in TS verwendet.
die "eigentlich auch genau richtig arbeitet. Die "Pferdefüße" entstehen dadurch, dass man dann irgendwann dem Einsteiger eine Möglichkeit bieten wollte, sich die Vorarbeit eine Strecke zu ersparen:
die RouteTemplate ist , wie die Bezeichnung (Template = Schablone) schon ahnen lässt, als Vorlage gedacht für mehrere Strecken, die sich die gleichen Grundeinstellungen teilen - u.a. auch den "Route Origin" (Startkoordinaten). Strecken, die sich dieselbe Template teilen, kann man im Nachhinein auch mit überschaubarem Aufwand verbinden. Nun ist so eine Template zwar eigentlich schnell erstellt, aber für einen TS-Neuling, der nur "mal eben" etwas im Streckeneditor spielen will, ist das oft schon wieder zu viel.
Also gibt es zur Vereinfachung auch eine Universalvorlage, die "default.bin" in Assets\Kuju\RailSimulator\TemplateRoutes, die als Startpunkt (0,0) hat - also irgendwo am Äquator - sowie die Möglichkeit, im Menu beim Start einer neuen Strecke beliebige andere Koordinaten einzutragen. Wer sich im genannten Ordner mal umguckt, sieht, dass alle "richtigen" Strecken ihre eigene RouteTemplate, mit individuellen Startkoordinaten haben. Die "default.bin" ist halt wirklich nur für die "Schnellschüsse" und Tests gedacht. Funktioniert ja auch prima: man muss sich nicht erst mit dem BlueprintEditor ein paar Bausteine bauen, bevor man mit seinen ersten Streckenbauexperimenten loslegen kann.
Der Pferdefuss kommt dann, wenn diese Experimentierstrecken zu lange wachsen und irgendwann versuchen "richtige" Strecken zu werden.
Z.B. kann man die Template nicht nachträglich an eine einzelne Strecke anpassen, denn sie hatte ja gerade den Sinn, Basis mehrerer ähnlicher (z.B. zusammenhängender) Strecken zu sein.
Und die Klonfunktion ist eben auch eine Reparaturfunktionen, mit der man eine vermurkste RouteProperties wieder heilen kann - das beißt sich dummerweise mit dem Ansatz, als Vereinfachung für den Einsteiger die Koordinaten absichtlich verfälschen zu können.
Als Fehler sehe ich da nicht die Eigenschaften der Klon-Funktion an, sondern eher die Möglichkeit, überhaupt im Menu die Koordinaten verfälschen zu können. Aber unbestritten gibt es viele Menschen, für die alles ein Fehler ist, was anders gedacht ist, als sie selbst im Moment gerade denken. 
Wie bekomme ich jetzt meine angefangene Strecke sauber in den eigenen Asset-Ordner ? Wo bau ich die ganzen .bin-Dateien aus z.B. MixMap, Scenery, etc. rein ? Kommt die RouteProperties auch in den Asset-Ordner ?
Die Strecke gehört nicht in den Asset-Ordner. Mixmap, Scenery usw. legt der TS alles dahin, wo es hingehört. Auch die RouteProperties steht schon an der richtigen Stelle und gehört NICHT in den Asset Ordner. In den eigenen Strecken-Asset-Ordner gehört zunächst einmal die eigene RouteTemplate rein. Im einfachsten Fall kann das einfach eine Kopie einer Template sein, die man gerne verwenden möchte. Aber man sollte Namen und Koordinaten für die eigene Strecke anpassen, bevor man die Strecke beginnt.
Mit steigenden Ansprüchen wird man nach und nach auch weitere Dateien im eigenen Strecken-Asset-Ordner anlegen: ToD-Dateien, Trackrules, Bodentexturen, Wetter-Dateien ...