Beides ist jetzt in den Ordnern, d.h. dass bei Änderungen der Fahrzeuge oder Szenarien die *.ap wieder entpackt werden muss, so versteh ich das.
Nein. Auspacken machst du ja, um irgendetwas zu ändern, sonst ist das ja nur Platz- und Performance Verschwendung. D.h. du willst das Original ja nicht (mehr). Steam liefert den offiziellen Content, in diesem Fall also die .ap Dateien. Was du sonst in den Verzeichnissen machst ist Steam wurscht, hat für den TS aber Vorrang. D.h. deine Änderungen bleiben auch bei Steam-Dateiüberprüfungen erhalten. Updates von Steam-Seite kommen so natürlich nicht zur Wirkung, solange du nicht deine ausgepackten/geänderten Dateien löschst (bzw. bei Bedarf neu auspackst).