Das kommt von der Dateiüberprüfung durch Steam und das entspreche zurücksetzen der Dateistruktur. Daher empfiehlt es sich, absolut regelmäßig mindestens die Ordner Assets und Content zu sicher.
Ich habe aktuell Steam offline und überspiele dann meine gesicherten Assets und Route-Contents auf die laufende Installation. So muss ich nicht alle Upgrades wieder nach und nach zeitaufwendig eins zu eins wieder herstellen…