Wenn die original ap-Datei der Strecke noch im Ordner der Originalstrecke liegt dann diese mal in ein separates (Sicherungs-) Verzeichnis außerhalb des Railworks-Verzeichnis kopieren. Vielleicht wird dort beim laden der Strecke etwas überschrieben.
Normalerweise ist die V2 ja ein Streckenklon, wobei Standardgleise normalerweise nicht geladen werden. Entweder es erscheinen gar keine Gleise wenn diese fehlen oder es erscheinen die, die für die Strecke vorgesehen sind, hier vermutlich Gleise aus Konstanz-Villingen.
Was bei meiner Originalstrecke noch anders ist: Im Assets-Ordner von DTG/CologneKoblenz fehlt im Verzeichnis Template Routes eine *.bin Datei, der Ordner ist leer. Wenn bei Dir dort Dateien vorhanden sind kannst Du diese mal in ein anderes Verzeichnis sichern & diese dann im Originalordner entfernen.
Andere Ideen hab ich zurzeit keine.
Allerletzte Möglichkeit wäre noch die Originalstrecke über Steam neu zu installieren. Bei DLC Haken bei der Strecke raus, kurz warten, Haken rein, warten bis die Strecke installiert ist& dann RW starten. Damit geht aber deine Dostos-Erweiterung verloren.
Nochmal eine Frage: die CologneKoblenzAssets.ap im Ordner Assets/DTG/CologneKoblenz hast Du aber lt. Anleitung entpackt?